Předseda první protektorátní vlády, gen. Alois Eliáš, stál v čele kabinetu v letech 1939—1941. Od počátku podporoval domácí odboj, sám byl členem vojenské odbojové organizace Obrana národa. Spolupracoval i s odbojem zahraničním a kroky své vlády koordinoval s pokyny čs. londýnského exilu. Maximálně zpomaloval germanizační tlak okupantů a za české zájmy bojoval vší autoritou, kterou mu jeho úřad dovoloval. V září 1941 podnikl pokus o otravu vybraných aktivistických novinářů, známý dnes jako "Chlebíčková aféra". Po nástupu zastupujícího říšského protektora Heydricha byl zatčen, odsouzen k trestu smrti a v červnu 1942 — jako jediný ministerský předseda zemí okupované Evropy — popraven.